Perjalanan dari Yogyakarta menuju Jakarta menggunakan kereta api menawarkan durasi tempuh yang bervariasi antara enam hingga delapan jam. Rute ini sangat populer sehingga tersedia banyak pilihan stasiun keberangkatan seperti Stasiun Yogyakarta, Lempuyangan, hingga Wates bagi penumpang yang berada di sisi barat kota.
Ke Bengawan tetap menjadi solusi paling ekonomis dengan tarif tetap yang sangat bersahabat. Sementara itu, untuk kenyamanan lebih tinggi dengan jadwal keberangkatan pagi hari, Fajar Utama Yk menyediakan layanan kelas eksekutif dan ekonomi premium dengan fasilitas kabin yang lebih luas.
Teknologi kereta api terbaru kini juga telah diterapkan pada beberapa rangkaian seperti Jaka Tingkir yang menggunakan sarana generasi baru. Penumpang dapat menikmati fitur kursi yang lebih ergonomis, ketersediaan pengisi daya di setiap tempat duduk, serta lingkungan gerbong yang lebih modern dan bersih.
